L'Assemblée nationale a apporté de nombreuses modifications au texte adopté par les sénateurs en première lecture.

Ces modifications concernent notamment :

- Les métropoles, qui bénéficieraient de l’unification de plein droit de la taxe foncière sur les propriétés bâties et d’une territorialisation de la DGF décidée à majorité qualifiée.

- Les communes nouvelles, qui ne pourraient être créées qu’après accord unanime des communes concernées, quel que soit son périmètre. Ainsi, la consultation obligatoire des électeurs à l’échelle du projet a été supprimée.

- La clarification des compétences des collectivités territoriales et l'encadrement des cofinancements. Les députés ont, en effet, limité les conditions de partage de compétences entre plusieurs collectivités sauf dans le domaine du tourisme, de la culture et du sport. S’agissant de l’encadrement des financements croisés, les députés ont réintroduit la notion de « participation minimale du maître d’ouvrage » au financement d’une opération d’investissement et le « principe du non cumul des subventions » du département et de la région à un projet communal ou intercommunal